സഭാ തർക്കം ശാശ്വതമായി പരിഹരിക്കാൻ ജനഹിത പരിശോധന നടത്തണമെന്ന ശുപാർശ ഭരണ പരിഷ്കാര കമ്മീഷൻ ചെയർമാൻ ജസ്റ്റിസ് കെ.ടി തോമസിനെ ദേഹോപദ്രവമേൽപ്പിക്കുമെന്നും അദ്ദേഹത്തിന്റെ നടുവടിച്ചൊടിക്കുമെന്നും കല്ലെറിയുമെന്നും  വീടിന് വെളിയിൽ ഇറങ്ങാൻ അനുവദിക്കില്ലെന്നും  ഭീഷണി മുഴക്കിയ നിരണം സ്വദേശിയും ഓർത്തഡോക്സ് സഭാം​​ഗവുമായ റജിക്കെതിരെ മുഖ്യമന്ത്രിക്കും ഡിജിപിക്കും പരാതി നൽകി. ഐടുഐ ന്യൂസ് മാനേജിങ് എഡിറ്റർ സുനിൽ മാത്യുവാണ് മുഖ്യമന്ത്രിക്കും ഡിജിപിക്കും   ഭീഷണി സന്ദേശമടങ്ങുന്ന ഫോൺ സംഭാഷണമുൾപ്പെടെ തെളിവായി  ചൂണ്ടിക്കാട്ടി പരാതി നൽകിയിരിക്കുന്നത്. 

 ഓർത്തഡോക്സ് സഭാം​ഗമായ റജി തിരുവല്ലയിൽ നിന്നുവിളിക്കുന്നുവെന്ന് പറഞ്ഞ് പരിചയപ്പെടുത്തിയ റജിയാണ് ഇക്കഴിഞ്ഞ  22ാം തീയതി  രാത്രി 11 മണിയോടുകൂടി  ഐടുഐ  ന്യൂസ് മാനേജിങ് എഡിറ്ററെ മൊബൈലിൽ വിളിച്ച് ഭീഷണി മുഴക്കിയത്.    മന്ത്രിമാരായ  സജി ചെറിയാൻ , വീണാ ജോർജ് ,  വി.എൻ വാസവൻ എന്നിവരുമായും  ഓർത്തഡോക്സ് സഭാ നേതൃത്വവുമായും ഇവർ  കൂടികാഴ്ച  നടത്തിയിട്ടുണ്ടെന്നും ജസ്റ്റിസ് കെ.ടി തോമസ്  സർക്കാരിന് സമർപ്പിച്ച ശുപാർശ യാതൊരു കാരണവശാലും നടപ്പിലാക്കില്ല എന്ന്  മന്ത്രിമാർ ഉറപ്പ് നൽകിയിട്ടുണ്ടെന്നുമായിരുന്നു ഫോൺ സംഭാഷണത്തിലെ ഉള്ളടക്കം. ‌അതിന് പുറമേ,   കമ്മീഷൻ ചെയർമാൻ ജസ്റ്റിസ് കെ.ടി തോമസിന്റെ നടുവടിച്ചൊടിക്കുമെന്നും അദ്ദേഹത്തെ വീടിന് വെളിയിൽ ഇറങ്ങാൻ അനുവദിക്കില്ലെന്നും കല്ലെറിയുമെന്നും അദ്ദേഹത്തിന്റെ കോട്ടയത്തുള്ള വീട് അന്വേഷിച്ചുകൊണ്ടിരിക്കുകയാണെന്നും റജി ഐടുഐ ന്യൂസിനോട്  വെളിപ്പെടുത്തുകയുമുണ്ടായി. നിരണം സ്വദേശിയായ ഇയാളുടെ ഈ ഭീഷണിയിൽ കഴമ്പുണ്ടെന്ന് ബോധ്യപ്പെട്ടതോടെയാണ് ഐടുഐ ന്യൂസ് തന്നെ പരാതിയുമായി മുഖ്യമന്ത്രിയെ സമീപിച്ചിരിക്കുന്നത് . 

 ജസ്റ്റിസ് കെ.ടി തോമസിന്റെ ജീവൻ സംരക്ഷിക്കണമെന്നും നീതി വാഴ്ചയെ വെല്ലുവിളിക്കുന്ന ഇദ്ദേഹത്തിന് തക്കതായ ശിക്ഷ നൽകണമെന്നും  വി.എൻ വാസവനും വീണാ ജോർജും സജി ചെറിയാനും ഓർത്തഡോക്സ് സഭാ നേതൃത്വവുമായി കൂടി കാഴ്ച നടത്തി , ജസ്റ്റിസ് കെ.ടി തോമസ് കമ്മീഷന്റെ റിപ്പോർട്ട് നടപ്പിലാക്കില്ല എന്ന ഉറപ്പുകൊടുത്തത് മുഖ്യമന്ത്രിയുടേയും  സർക്കാരിന‍്റേയും അറിവോടെയാണോയെന്നും പരിശോധിക്കണമെന്നുമാണ്  മുഖ്യമന്ത്രിയോട് സുനിൽ മാത്യു  ആവശ്യപ്പെട്ടിരിക്കുന്നത്. 

തർക്കമുള്ള പള്ളികളിൽ ഹിത പരിശോധന നടത്തണമെന്നും ഭൂരിപക്ഷം കിട്ടുന്നവർക്ക് പള്ളികൾ വിട്ടു കൊടുക്കണമെന്നുമായിരുന്നു കമ്മീഷൻ ശുപാർശ ചെയ്തിരുന്നത്. .ഇത് ജസ്റ്റിസ് കെ.ടി.തോമസിൻറെ യാക്കോബായ വിഭാഗത്തെ പിന്താങ്ങുന്ന നിലപാടെന്നാണ് ഓർത്തഡോക്സ് സഭാം​ഗങ്ങളുടെ  വിമർശനം.ഭരണപരിഷ്കാര കമ്മീഷനിൽ ജസ്റ്റിസ് കെ.ടി തോമസിനെ കൂടാതെ മറ്റ് നാലം​ഗങ്ങൾ കൂടിയുണ്ടെങ്കിലും അവർക്കെതിരെ  യാതൊരു വിധ വിമർശനങ്ങളുമുന്നയിച്ചട്ടില്ല എന്നതും ശ്രദ്ധേയമാണ്.