സിസ്റ്റർ അഭയ കൊല കേസ് ആദ്യം അന്വേഷിച്ച സിബിഐ ഉദ്യോഗസ്ഥൻ വർഗീസ്.പി.തോമസിനെ വിസ്തരിച്ചു.സിബിഐ ഏറ്റെടുത്ത കേസ് ആദ്യം അന്വേഷിച്ച് കൊലപാതകമെന്ന് കണ്ടെത്തിയിരുന്നു എന്ന് സാക്ഷി മൊഴി.സിബിഐ യിൽ നിന്നും രാജിവച്ച ഡി.വൈ.എസ്.പി വർഗീസ്.പി.തോമസിനെ പ്രോസിക്യൂഷൻ 38 സാക്ഷിയായി തിരുവനന്തപുരം സിബിഐ കോടതിയിൽ വിസ്തരിച്ചു.

മുൻ ഡി.വൈ.എസ്.പി വർഗീസ് അഭയ കേസിലെ 24 സാക്ഷികളിൽ നിന്നും മൊഴി എടുത്തിരുന്നു.ഇദ്ദേഹം ഒൻപത് മാസ കാലം മാത്രമേ കേസ് അന്വേഷിച്ചിരുന്നുള്ളു.1993 മാർച്ച് 29 ന് അഭയ കേസിന്റെ എഫ്.ഐ.ആർ കോടതിയിൽ ഫയൽ ചെയ്‍തത് ഈ സാക്ഷിയായിരുന്നു.അഭയയുടെ മരണം ആത്മഹത്യ എന്ന ക്രൈം ബ്രാഞ്ചിന്റെ  വാദം തള്ളി കൊലപതകമാണെന്ന് കേസ് ഡയറിയിൽ രേഖപ്പെടുത്തിയ ശേഷമാണ് ഡി.വൈ.എസ്.പി വർഗീസ് രാജിവയ്ക്കുന്നത്.1993 ഡിസംബർ 31 ന് സിബിഐയിൽ നിന്നും രാജിവയ്ക്കുമ്പോൾ ഒൻപതര വർഷം സർവീസിൽ ബാക്കിയുണ്ടായിരുന്നു.

കോവിഡ് കാരണം പ്രതിഭാഗം അഭിഭാഷകനും പ്രതികൾക്കും തിരുവനന്തപുരം സിബിഐ കോടതിയിൽ വിചാരണയ്ക്ക് എത്തുവാൻ കഴിയില്ല എന്ന കാരണം കാട്ടി വിചാരണ നടപടികൾക്ക് സ്റ്റേ വാങ്ങിയിരുന്നു.അതേ സമയം നടിയെ ആക്രമിച്ച കേസിൽ ഇതേ സീനിയർ അഭിഭാഷകർ തന്നെ വിചാരണ നടപടികൾക്ക് പോയിരുന്നു. 28 വർഷം പഴക്കമുള്ള കേസ് അന്തിമ ഘട്ടത്തിൽ നിൽകുമ്പോൾ ആണ് വിചാരണ നിറുത്തി വക്കാനുള്ള പ്രതികളുടെ ഹർജി ഹൈ കോടതി   കഴിഞ്ഞ ആഴ്ച തള്ളിയത് .
    
1992 മാർച്ച് 27 ന് കോട്ടയത്ത് പയസ് ടെൻറ് കോൺവെന്റിലെ കിണറ്റിൽ ദുരൂഹ സാഹചര്യത്തിലാണ് സിസ്റ്റർ അഭയയെ കൊല്ലപ്പെട്ട നിലയിൽ കണ്ടെത്തിയത്.ഫാ.തോമസ് കോട്ടൂർ,സിസ്റ്റർ സെഫി എന്നിവരാണ് വിചാരണ നേരിടുന്ന പ്രതികൾ.